Les programmes génomiques
Depuis 20 ans plusieurs programmes de recherche génomique ont été conduits en race Charolaise.
- HORNOUT conduit sur des animaux de races Charolaise par UCEF en collaboration avec l’INRA, à partir des années 1990. Ce programme a permis de déterminer les gènes responsables de l’absence de cornes. Depuis, la sélection d’animaux Sans Cornes a fait « des petits ». En témoigne la demande croissante de ce type d’animaux, dans toutes les races allaitantes.
- QUALVIGENE est un programme conduit par les Entreprises de Sélection des races Blonde, Charolaise et Limousine, avec Idele et INRA, sur une population de 3000 jeunes bovins contrôlés en station – les mâles de testage – issus des programmes de contrôle sur descendance. Qualvigène avait pour objectif de déterminer les gènes responsables de la qualité de la viande comme la tendreté, la couleur, la composition, …
- GPSAB développé à partir des données collectées dans le cadre de Qualvigène, ce sont les premiers indicateurs génomiques à avoir été utilisés en race Charolaise, par les Entreprises de Sélection, comme outil d’aide à la décision au moment du recrutement des futurs taureaux. Ce test produit des informations sur les caractères d’aptitudes bouchères et de poids de naissance.
- VACHE/VEAU, est un programme qui a été conduit au cours de l’hiver 2010/2011, par Gènes Diffusion et ses coopératives adhérentes auprès de 400 élevages. Ce sont plus de 8000 couples vache/veau qui ont été contrôlés et génotypés. Les phénotypes enregistrés portaient sur différents caractères, innovants, ayant un impact fort dans les élevages, tant sur le plan économique, que qualitatif - aussi bien pour l’animal, que pour l’éleveur. A cette occasion, la qualité et la fonctionnalité des membres, de la mamelle et des trayons, le comportement de la vache vis-à-vis de son veau, ou de l’homme ont été enregistré sur le terrain. Les prédicteurs de morphologie et de comportement GD SCAN ont été conçus et développés à l’issue de ce programme, ils sont disponibles pour tous les éleveurs depuis octobre 2014.
Le programme Vache/Veau a été conduit avec l’appui de :
- Un réseau de 413 élevages Charolais
- Les équipes techniques des coopératives adhérentes à Gènes Diffusion
- Les équipes R&D de Gènes Diffusion et de la plateforme GD SCAN
- L’université de Wageningen au Pays Bas
- GeMBAL : Génomique multi-race des Bovins Allaitants et Laitiers.
En race Charolaise, les partenaires de ce programme sont, Idele, INRA, Races de France et ALLICE (ex UNCEIA).
Ce projet a pour objectif de mettre en place une évaluation génomique multi-raciale, qui rendra possible la sélection génomique pour toutes les races allaitantes et laitières à faibles effectifs.
Le principe général de GeMBAL, consiste à génotyper une population de référence représentative pour chaque race, dites population d’imputation, avec une puce HD (haute densité 800K marqueurs). Les autres animaux seront génotypés avec une puce à moyenne densité 54K, à moindre coût. Une méthode statistique d’imputation permet une évaluation génétique de ces animaux avec un bon degré de précision.
18 races élevées en France sont concernées, dont les races allaitantes Aubrac, Bazadaise, Blonde d'Aquitaine, Charolaise, Gasconne, Limousine, Parthenaise, Rouge des Prés et Salers. La cible de recherche pour les races allaitantes, concerne tous les caractères contrôlés en ferme qui constitue l’actuelle indexation polygénique IBOVAL.
- DEGERAM : DEveloppement de la GEnomique pour les RAces du Massif-Central
Les partenaires de ce programme, sont l’Institut de l'Élevage, le CORAM, Charolais France, France Conseil Élevage, France Limousin Sélection et les Entreprises de Sélection Charolais Univers et Gènes Diffusion.
Débuté lors de la campagne de vêlages 2013/2014 auprès de 74 élevages Charolais, les objectifs de DEGERAM sont d’obtenir des phénotypes sur les caractères de santé des veaux autour du vêlage (caractères périnataux) et d’identifier les marqueurs génomiques qui en sont responsables, afin de développer une sélection génomique de ces caractères qui impactent l’économie des troupeaux, en réduisant les coûts d’élevage, les traitements vétérinaires et le temps de travail.
Les différents critères enregistrés sont, l’ouverture pelvienne des mères, vigueur des veaux à la naissance, viabilité des veaux, aptitude des veaux à téter, qualité du colostrum, instinct maternel, comportement.
Tests de génotypages disponibles pour les éleveurs
GD SCAN Charolais
GD SCAN Charolais est le premier test de génotypage disponible pour tous les éleveurs.
- 15 index génomiques innovants
La réduction du nombre d’intervention par femelle est devenu prioritaire face à l’accroissement de la taille des troupeaux et à la diminution de la main d’œuvre disponible dans les élevages. Les interventions en élevage, notamment celles autour du vêlage, qui lorsqu’elles sont nécessaires, sont souvent onéreuses et gourmandes en temps : manipulation des lots, isolement des vaches, assistance aux vêlages, à l’acceptation du veau, à la prise de colostrum et aux tétées suivantes, … boiteries.
Sélectionner avec plus de précision la morphologie des animaux, dans l'objectif de produire des animaux modernes et mieux adaptés à la demande du marché.
GD SCAN est la réponse à ces enjeux, par la sélection génomique.
- 9 index génomiques de morphologie au sevrage :
- DMDOS g : Développement Musculaire du Dos
- DMArM g : Développement Musculaire de l'Arrière Main
- DSLon g : Longueur
- DSLar g : Largeur
- DSGab g : Gabarit
- Mufle g : Largeur de Mufle
- AAv g : Aplombs Avant
- AAr g : Aplombs Arrière
- Rec g : Rectitude du dessus
- 4 index génomiques de morphologie post-sevrage :
- LoM g : Longévité de la Mamelle
- FoT g : Fonctionnalité des Trayons
- SolAr g : Solidité des Aplombs Arrières
- Loc g : Locomotion
- 2 index génomique de comportement
- Comp g : Comportement
- IM g : Instinct maternel
Voir le système de notation et description des prédicteurs
- 6 index génomiques de production
GD SCAN propose 6 prédicteurs génomiques de production :
- Nai g : Naissance
- Cr g : Croissance
- DM g : Développement Musculaire du Dos
- DS g : Développement Squelettique
- Vel g : Vêlage
- Lai g : Lait
- Gènes d’intérêts Polled (Sans Cornes) et Culard (mh)
- Validation de compatibilité Génétique (filiation des animaux)
- Système de notation des prédicteurs
Les prédicteurs génomiques de GDSCAN Charolais sont exprimés sur une échelle allant de 0 à 10, 5 étant la note intermédiaire. Pour apporter une lecture plus fine des résultats, le système de notation évoluera prochainement vers une échelle intégrant des décimales.
GeMBAL
Les index génomiques GeMBAL sont la version génomique des index produits dans le cadre des évaluations IBOVAL sur les animaux contrôlés en ferme.
GEBV_IFNAIS > Combinaison de l’effet génétique direct pour poids et conditions de naissance
GEBV_CRsev > Effet génétique direct sur le poids au sevrage
GEBV_DMsev > Effet génétique direct sur le développement musculaire
GEBV_DSsev > Effet génétique direct sur le développement squelettique
GEBV_ISEVR > Combinaison des IFNAIS, CRsev, DMsev et DSsev
GEBV_AVel > Effet génétique maternel sur les conditions de naissance
GEBV_ALait > Effet génétique maternel sur le poids au sevrage
GEBV_IVMAT > Combinaison des ALait, CRsev, CVEL (Poids et conditions de naissance + AVel), DMsev et DSsev
